Początek sezonu 1998/99 nie był najlepszy. Z zespołu odeszli LaBradfort Smith, Tyrice Walker, Tomasz Ziembiński, Dariusz Parzeński a klub popadł w kłopoty finansowe a zawodników trapiły liczne kontuzje i choroby. Po raz pierwszy w polskiej lidze drużynę poprowadził Amerykanin - Mike McCollow objął funkcję trenera w Pruszkowie, jednak po kilku miesiącach został zwolniony za słabe wyniki pracy (zwolniony XI '98). Funkcję trenera przejął II trener - Nikołaj Balwaczow. W drużynie Pekaes Pruszków rozegrał kilka spotkań były zawodnik Phoenix Suns - Richard Dumas. Nie spełnił jednak oczekiwań działaczy i pożegnał się szybko z klubem. Po sensacyjnym zwycięstwie pruszkowian nad Benettonem Treviso w pierwszym spotkaniu 1/16 Pucharu Saporty klub pozyskał nowego sponsora - Hoop S.A. Pod koniec 1998 roku do zespołu dołączyli Darnell Hoskins i Tyrice Walker, którego powrót był niezwykle efektowny. Przez pierwsze klika spotkań prowadził pruszkowian do zwycięstw, rzucając średnio ponad 20 punktów w meczu. Bardzo dobrze spotkania rozgrywał także Hoskins, który m.in. przyczynił się do zwycięstwa nad Bennetonem. Sytuacja klubu uległa poprawie i zespół ostatecznie zajął czwarte miejsce w lidze. Hoop Pekaes zmarnował szanse na awans do finału playoff, przegrywając trzy kolejne spotkania z Zepterem Śląsk, prowadząc na początku rywalizacji 2:0. Na domiar złego w meczach o brąz zespół z Pruszkowa poddał się bez walki Ericssonowi Bobry Bytom 3:1. W przededniu spotkań playoff Hoop Pekaes Pruszków został przekształcony w sportową spółkę akcyjną, zarejestrowaną pod nazwą Mazowiecki Klub Sportowy Sportowa Spółka Akcyjna Pruszków (MKS SSA Pruszków). Hoop Pekaes zdobył "jedynie" zdobył Puchar Polski, co uprawniało do gry w Pucharze Saporty w sezonie 1999/2000. W rozgrywanym 21 marca w Tarnowie finale Pucharu Ligi koszykarze Hoopu Pekaes Pruszków pokonali Pogoń Rudę Śląską 76:69 (38:38), w półfinale pruszkowianie okazali się lepsi od Nobilesu Anwilu Włocławek (69:66).